En respuesta a la necesidad de formar recursos humanos especializados en cuestiones urbanas y ambientales requeridos en México y en América Latina, subcontinente que se caracteriza por ser una de las regiones más urbanizadas del mundo pero que dispone de pocos programas doctorales de este tipo, el CEDUA ofrece el Doctorado en Estudios Urbanos y Ambientales (DEUA) desde el año 2005. De las ocho primeras promociones del programa han egresado 83 estudiantes. En el semestre académico de otoño 2026 se tienen inscritos 27 estudiantes del DEUA, de las promociones vigentes 2023-2027 y 2025-2029.
En 2007 el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (Conacyt) le otorgó al DEUA el nivel de programa Consolidado en el padrón del Programa Nacional de Posgrado de Calidad (PNPC), categoría en la que fue ratificado en las convocatorias de renovación 2016 y 2021. En 2023 el programa transitó exitosamente al Sistema Nacional de Posgrados (SNP) de la SECIHTI en la categoría de orientación a la investigación. En la evaluación de permanencia realizada en 2025, se refrendó su reconocimiento en el SNP por un periodo de tres años. El dictamen destacó su alto nivel de consolidación académica, la coherencia entre el diseño curricular, el núcleo académico y la orientación investigativa, así como la solidez de sus procesos formativos, su pertinencia social y su capacidad para articular la investigación, la formación académica y la incidencia pública.
