El programa de Maestría en Desarrollo Urbano se abrió en 1976 y entre esa fecha y 1995 formó a 139 estudiantes en nueve promociones. Luego de una importante modificación al plan de estudios, en la promoción 1995-1997 el programa cambió su nombre a Maestría en Estudios Urbanos, de la que hasta 2025 han egresado 270 estudiantes en quince promociones. La dieciseisava promoción, de 2025 a 2027, consta de 17 estudiantes. El programa de maestría está diseñado con un tronco común el primer semestre, seguido por una estructura flexible los semestres posteriores y una orientación interdisciplinaria. Asimismo, producto del esfuerzo colectivo de estudiantes, profesores y personal administrativo, en el año 2007 el programa fue distinguido en el Programa Nacional de Posgrados de Calidad (PNPC) del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (Conacyt) con la categoría de programa académico de Competencia Internacional, y actualmente está inscrito en el Sistema Nacional de Posgrados (SNP) de la SECIHTI (Secretaría de Ciencia, Humanidades, Tecnología e Innovación) en la categoría de programa con orientación a la investigación impartido por una institución pública de educación superior.
